Президента одолевали серьезные сомнения, стоит ли выдвигать свою кандидатуру на второй срок. Многочисленные уговоры друзей, неустойчивость Союза и угроза его развала, заставила слабеющего Вашингтона уступить. В 1792 году Вашингтон был единогласно переизбран на второй срок, что подтвердило его огромную популярность. В своей второй инаугурационной речи 4 марта 1793 года Вашингтон обещал содействовать тому, чтобы конституционная форма правления пустила свои корни «в девственной почве Америки». Второй срок пребывания на посту был ориентирован на стабилизацию положения. Трезво рассчитанный, осторожный курс Вашингтона предотвратил вовлечение США в европейские конфликты и стимулировал экономический подъём. Были приняты и начали осуществляться разработанные Гамильтоном программы по стабилизации финансового и промышленного развития страны, расходившиеся с намерениями республиканцев. Переход Вашингтона от надпартийной позиции к поддержке федералистов обострил внутриполитическую ситуацию. В отношениях с коренным населением Вашингтон полагался больше на военную силу, ему удалось вынудить индейцев уступить многие территории. В 1791 году Конгресс наложил запрет на дистиллированный алкоголь, что привело к протестам в пограничных районах. В западной Пенсильвании протесты переросли в бунт, получивший название «Восстание Виски». Федеральная армия была слишком мала, чтобы подавить сопротивление и Вашингтон созвал милицию штатов и во главе 13-тысячной армии направился на подавление бунта. Восстание закончилось прежде, чем была применена военная сила. Руководители были схвачены, приговорены к смертной казни, но помилованы Вашингтоном. Эти события доказали способность федерального правительства использовать вооруженные силы для сохранения государства. Во время президентства Вашингтон не раз выступал в Конгрессе с инициативой основать Национальную Академию Наук, но его предложения были оставлены без внимания.